Il territorio, chiamato originariamente con il toponimo Cornia[4], fu zona di confine tra i Longobardi e i Bizantini. Divenuto possedimento feudale dei signori di Vezzano, i quali edificheranno a Zignago un castello, venne in seguito ceduto al comune di Pontremoli; fu quindi proprietà della famiglia nobiliare dei Fieschi di Lavagna.
Nel 1273 entrò a far parte dei territori della Repubblica di Genova, in netto anticipo rispetto ad altri territori della val di Vara, sottraendolo al dominio della famiglia Malaspina, già signori della Lunigiana e di altri borghi dello spezzino. A metà del XVI secolo la repubblica genovese la elevò al titolo di podesteria con la nomina da Genova di un apposito magistrato.
Così come gli altri paesi sotto il dominio genovese seguì le sorti e le vicende storiche di Genova quali l’invasione austriaca nel 1747 e quella francese di Napoleone Bonaparte nel 1797.
Con la dominazione francese rientrò dal 2 dicembre nel Dipartimento del Vara, con capoluogo Levanto, all’interno della Repubblica Ligure. Dal 28 aprile del 1798 con i nuovi ordinamenti francesi, il territorio di Zignago rientrò nel III cantone, come capoluogo (Pieve di Zignago), della Giurisdizione di Mesco e dal 1803 centro principale del IV cantone di Godano nella Giurisdizione del Golfo di Venere. Annesso al Primo Impero francese, dal 13 giugno 1805 al 1814 venne inserito nel Dipartimento degli Appennini.
Nel 1815 fu inglobato nella provincia di Levante del Regno di Sardegna, così come stabilì il Congresso di Vienna del 1814, e successivamente nel Regno d’Italia dal 1861. Dal 1859 al 1927 il territorio fu compreso nel IV mandamento di Godano del circondario di Levante facente parte della provincia di Genova prima e, con l’istituzione nel 1923, della provincia della Spezia poi.
Al 1956 risalgono gli ultimi aggiustamenti al territorio comunale con il distacco della frazione di Bozzolo e il suo accorpamento nel territorio di Brugnato.
Dal 1973 al 31 dicembre 2008 ha fatto parte della Comunità montana dell’Alta Val di Vara e con le nuove disposizioni della Legge Regionale n° 24 del 4 luglio 2008[6], in vigore dal 1º gennaio 2009, ha fatto parte della Comunità montana Val di Vara, quest’ultima soppressa con la Legge Regionale n° 23 del 29 dicembre 2010 e in vigore dal 1º maggio 20.